Die Virtuelle Mikroskopie ist als digitales Verfahren eine Alternative zur Begutachtung von Glasobjektträgern am Lichtmikroskop.
Virtuell ist die Mikroskopie deswegen, weil dabei kein Lichtmikroskop mehr zum Einsatz kommt, sondern eine Simulation desselben, als Software. Im Gegensatz zur Telemikroskopie kommt auch objektivseitig kein Mikroskop mehr zum Einsatz, da das Präparat bereits vollständig in höchster Auflösung digital vorliegt.
Mit einem Slide Scanner werden histologische Schnitte digitalisiert und als virtuelle Schnitte in einem Bildarchiv abgelegt. Dies erfolgt mit so hoher Auflösung, dass alle relevanten Vergrößerungen auf dem Monitor dargestellt werden können.
Virtuelle Schnitte sind deshalb sehr große Dateien für deren Visualisierung spezielle Programme notwendig sind - Virtuelle Mikroskope genannt. Diese verwenden für die verzögerungsfreie Darstellung spezielle Streaming-Technologien.